Dalam lingkungan kerja organisasi Stasiun Meteorologi Tebelian, struktur organisasi dipimpin oleh 1 orang Kepala UPT. Di bawah pimpinan Kepala UPT, terdapat dua pilar utama, yaitu Tim Operasional yang berjumlah 10 orang (1 Ketua Tim dan 9 anggota staf fungsional/teknis), serta Tim Tata Usaha yang berjumlah 7 orang (1 Ketua Tim dan 6 anggota PPNPN).